環境保護相關部負責排污許可制度的統一監督管理，制訂相關政策、標準、規范，指導地方實施排污許可制度。省、自治區、直轄市環境保護主管部門負責本行政區域排污許可制度的組織實施和監督。

建設、運行、維護、管理國家排污許可證管理信息平臺，各地現有的排污許可證管理信息平臺應實現數據的逐步接入。在統一社會信用代碼基礎上，通過國家排污許可證管理信息平臺對的排污許可證實行統一編碼。

許可證辦理條件和程序

排污單位應當在排放污染物前申領排污許可證。

申領排污許可證應當具備下列條件：

（一）建設項目環境影響評價文件經有審批權的環境保護主管部門批準或者按照規定重新審核同意；

（二）有符合國家和地方標準規定的污染防治設施和污染物處理能力。環境污染治理設施委托運營的，運營單位應當取得環境污染治理設施運營資質；

有效期限屆滿的處罰:

持證者在本條例規定時限之后申請延續排污許可證的，縣級以上環境保護行政主管部門可以對其處五萬元以下罰款。持證者在排污許可證有效期限屆滿30日后申請延續排污許可證的，主管環境保護行政主管部門不予受理，并按照本條例第三十五條（一）款處理。

企業排污許可證有效期屆滿未申請延續或者延續申請未經批準的，應立即停止排放污染物行為。如仍繼續排放污染物的，或在此期間出現其他生態環境違規行為的，生態環境部門將依照有關法律法規進行相應處理。

若排污單位有下列情形之一的，應當重新申請取得排污許可證：

① 新建、改建、擴建排放污染物的項目；② 生產經營場所、污染物排放口位置或者污染物排放方式、排放去向發生變化；③ 污染物排放口數量或者污染物排放種類、排放量、排放濃度增加。

企業提供有關行政部門所需要的企業資料，包括工商執照、工程規劃、環評報告、方案書、運行記錄等,以及項目實施后履行的相關手續企業需要把各種環保文件、手續和排放情況材料齊備，然后提交相關環保管理部門，填寫環保申報表。

環保管理部門對提交的申報材料進行審核。審核結果分為兩種：符合排污證頒發條件，適合頒發排污證；不符合以上條件，予以駁回。